Ο θηλασμός προετοιμάζει καλύτερα το στομάχι ενός μωρού για τη μετάβαση σε στερεές τροφές, εφοδιάζοντάς το επομένως για πιθανώς λιγότερα στομαχικά προβλήματα.

Η διατροφή ενός μωρού τους πρώτους μήνες ζωής του έχει σημαντική επίδραση στη σύνθεση, την ποικιλία και τη σταθερότητα του μικροβιώματος του εντέρου και ότι οι παραπάνω παράγοντες με τη σειρά τους επηρεάζουν την ικανότητα του μωρού για μετάβαση από το γάλα σε στερεές τροφές καθώς και ότι μπορεί ενδεχομένως να έχουν μακροπρόθεσμη επίδραση.
Τα μωρά που ταΐζονται μόνο με μητρικό γάλα έχουν μικροβιακές κοινότητες που μοιάζουν πιο έτοιμες για την εισαγωγή στερεών τροφών.
Η μετάβαση στα στερεά είναι πολύ περισσότερο σημαντική για το μικροβίωμα των μωρών που δεν τρέφονται αποκλειστικά με μητρικό γάλα και θα μπορούσε να συμβάλλει σε περισσότερους πόνους στο στομάχι και κολικούς.
Το μικροβίωμα στα έντερα παίζει σημαντικό ρόλο στο να βοηθά την πέψη και την καταπολέμηση παθογόνων, μεταξύ άλλων λειτουργιών.